Карточные бои Авангарда: Неоновый Мессия

События разворачиваются после завершения сериала «Карточные бои Авангарда: Товарищество легиона». Игроки Айти Сэндо и Тосики Кая продолжают участвовать в карточных поединках, которые распространены среди множества людей. Такуто Тацунаги объявляет турнир с пригласительными билетами для сильнейших игроков мира. Организатор заявляет, что цель соревнования - предотвратить разрушение мира. В качестве главного приза выступает карта «Гармоничный Мессия». Айти и Тосики получают приглашения и готовятся к участию.

Одновременно в разных местах пропадают бойцы, использующие карты «Авангарда». Выясняется, что за исчезновениями стоит Кодзи Ибуки. Его мотивы и связь с турниром Такуто остаются неясными. Айти и Тосики вступают в противостояние с Кодзи, пытаясь выяснить правду и предотвратить угрозу. От их действий зависит исход событий, связанных с судьбой мира и участников турнира.