Индекс волшебства: Чудо Эндимиона

События фильма разворачиваются сразу после завершения строительства космического подъёмника «Эндимион» в Академия-Сити. Главный герой Тома Камидзё и его подруга Индекс сталкиваются с Арисой Мэйго, эспером нулевого уровня. Причины, по которым Ассоциация магов начинает преследовать Арису и атаковать Академия-Сити, остаются неясными.

Для защиты города от угрозы формируется сопротивление под руководством Шатауры Секвенции. В ходе событий главные герои получают от Стэйла Магнуса сведения о том, что новая знакомая может быть использована как инструмент для разжигания войны между миром магии и миром науки. Истинная цель Ассоциации магов и роль Арисы в возможном конфликте раскрываются по мере развития сюжета.